NVIDIA presenta bionemo inference runtime para acelerar la predicción de la estructura de proteínas

NVIDIA ha introducido BioNeMo Inference Runtime (BioIR), una biblioteca de Python diseñada para mejorar el rendimiento de los modelos de predicción de estructuras en las GPU de NVIDIA. La herramienta mantiene el flujo de trabajo estándar de PyTorch, optimizando al mismo tiempo operaciones clave como las pilas Pairformer y Evoformer, operaciones de triángulos y atención en pares. BioIR ya se ha implementado a gran escala, contribuyendo a la expansión de la base de datos AlphaFold generando estructuras de complejos proteicos de alta confianza en 4.777 proteomas. Los resultados de las pruebas muestran que BioIR logra aceleraciones de hasta 2,90x en el rendimiento de plegamiento de Boltz-2 en GPU 8xH100, con una tasa de 58.5K residuos por hora de GPU. Las pruebas de NVIDIA en 1.000 dimeros humanos demostraron mejoras significativas en la eficiencia energética, estimando una reducción de 23 a 43 MWh por millón de dimeros en comparación con una implementación pública. La herramienta está disponible como un repositorio de código abierto de GitHub, que requiere Python 3.12+, una GPU NVIDIA compatible y MSA de A3M por cadena.