Apple apresenta modelo de design de proteínas simples para geração simultânea de sequência e estrutura

Pesquisadores da Apple introduziram o SimpleDesign, um modelo de design de proteínas capaz de gerar simultaneamente sequências de aminoácidos e estruturas tridimensionais. O modelo, publicado como preprint no arXiv, contorna o treinamento tradicional em várias etapas, treinando diretamente nos dados brutos. Utiliza mais de 2 milhões de pares de sequências e estruturas de proteínas do conjunto de dados AFESM, que combina previsões do AlphaFold com outras amostras. O modelo mascara aleatoriamente partes das sequências e adiciona ruído às estruturas durante o treinamento, permitindo que lide com tarefas como o dobramento de proteínas e o dobramento inverso. O SimpleDesign se baseia no projeto anterior da Apple, SimpleFold, que previa estruturas de proteínas a partir de sequências. Este novo modelo estende a abordagem para tarefas de design, gerando sequências que podem formar estruturas especificadas. Embora o modelo apresente um desempenho competitivo em benchmarks, os pesquisadores alertam que as simulações de computador por si só não podem confirmar se as proteínas geradas podem dobrar, funcionar ou operar com segurança em sistemas biológicos.