NVIDIA apresenta o bionemo inference runtime para acelerar a previsão da estrutura de proteínas

A NVIDIA introduziu o BioNeMo Inference Runtime (BioIR), uma biblioteca Python projetada para melhorar o desempenho de modelos de previsão de estrutura em GPUs NVIDIA. A ferramenta mantém o fluxo de trabalho padrão do PyTorch, otimizando operações-chave, como os stacks Pairformer e Evoformer, operações de triângulos e atenção em pares. O BioIR já foi implementado em larga escala, contribuindo para a expansão do Banco de Dados AlphaFold, gerando estruturas de proteínas-complexo de alta confiança em 4.777 proteomas. Os resultados de benchmark mostram que o BioIR alcança ganhos de velocidade de até 2,90x no throughput de dobra do Boltz-2 em GPUs 8xH100, com uma taxa de 58,5 K resíduos por GPU-hora. Os testes da NVIDIA em 1.000 alvos de dímeros humanos demonstraram melhorias significativas na eficiência energética, estimando uma redução de 23 a 43 MWh por milhão de alvos em comparação com uma implementação pública. A ferramenta está disponível como um repositório de código aberto do GitHub, exigindo Python 3.12+, uma GPU NVIDIA compatível e MSAs A3M por cadeia.